雖然自閉癥的病因還不完全清楚，但目前的研究表明，某些危險因素可能同自閉癥的發(fā)病相關。引起自閉癥的危險因素可以歸納為：遺傳、感染與免疫和孕期理化因子刺激。具體這三點如果下：

孕期理化因子刺激

受孕早期孕婦若有反應停和丙戊酸鹽類抗癲癇類藥物的用藥史以及酗酒等，可導致子代患自閉癥的機率增加。根據這些研究，對懷孕12.5d的大鼠一次性高劑量腹腔注射丙戊酸鈉，其子代鼠表現(xiàn)出類似自閉癥的行為學表現(xiàn)。還有研究發(fā)現(xiàn)，孕期大鼠暴露于反復冷凍刺激中，也會增加子代患自閉癥的機率;對孕鼠進行反復冷凍刺激，其子代也表現(xiàn)出自閉癥的行為學特征。

遺傳因素

雙生子研究顯示，自閉癥在單卵雙生子中的共患病率高達61%～90%，而異卵雙生子則未見明顯的共患病情況。在兄弟姊妹之間的再患病率，估計在4.5%左右。這些現(xiàn)象提示孤獨癥存在遺傳傾向性。

研究顯示，某些染色體異常可能會導致自閉癥的發(fā)生。目前已知的相關染色體有7q、22q13、2q37、18q、Xp;某些性染色體異常也會出現(xiàn)孤獨癥的表現(xiàn)。如47、XYY以及45、X/46、XY嵌合體等。較常見的表現(xiàn)出孤獨癥癥狀的染色體病有4種：脆性X染色體綜合征、結節(jié)性硬化癥、15q雙倍體和苯丙酮尿癥。

每年均有新的關于自閉癥候選基因的報道。近年來新報道的孤獨癥候選基因有clock，PRKCBl、CNTN4，CNTCAP2、immunegene、STK39、MAOA、CSMD3、DRD1、neurexinl、SLC25A12、JARDlC、Pax6。另有研究報道，在漢族孤獨癥患者中，NRP2基因存在遺傳多態(tài)性。

繁多的候選基因提示了自閉癥是一種多基因遺傳病，即孤獨癥可能是在一定的遺傳傾向性下，由環(huán)境致病因子誘發(fā)的疾病。

感染與免疫因素

早在20世紀70年代末就有研究發(fā)現(xiàn)，孕婦患病毒感染后，其子代患自閉癥的機率增大。后來數個研究均提示，孕期感染與自閉癥發(fā)生可能有一定的關系。目前已知的相關病原體有：風疹病毒、巨細胞病毒、水痘——帶狀皰疹病毒、單純皰疹病毒、梅毒螺旋體和弓形蟲等。目前推測，這些病原體產生的抗體，由胎盤進入胎兒體內，與胎兒正在發(fā)育的神經系統(tǒng)發(fā)生交叉免疫反應，干擾了神經系統(tǒng)的正常發(fā)育，從而導致了孤獨癥的概率大大提升。